NEO在母体里是程序还是人？

当然是一个人。《黑客帝国》第一集，莫斐斯给了尼奥一颗红色药丸，真的让他清醒了。在一个场景中，墨菲斯和他的团队从一个水池里捞出尼奥。

尼奥，墨菲斯和三一都是人。