两条长度相同但序列不同的DNA序列在凝胶上跑出相同的条带吗？

严格来说是不一样的。这与at或gc含量比有关。at的分子量更大，会在后面。不信你可以和一个500bp的polya对比一下。前提是你的凝胶适合在500 bp范围内电泳。