机甲兽神故事简介
在科学家父亲的指导和帮助下，勇敢机智的孩子严羽和好伙伴林佳静从家乡金博城出发，努力改变被误导的人类思维。在路上，严宇遇到了很多立志保护环境的伙伴，比如凌毅、西洋、Kilo等。在禹岩和他的伙伴们的共同努力下，被大量植物碳化的背阴城市有了往日的绿色，恢复了水都海水的纯净，扑灭了燕部落森林里的野火...
最后，回到家乡的严羽和伙伴们一起努力奋斗，感动了家乡的人民，终于阻止了希特只要科技不环保的破坏行为。
一战后，燕部落、燕玉、贾敬、凌毅、基洛、西洋回到了金波城。就在这时，他们突然收到了土元素城——砾石城被恶灵入侵的消息。五个人立刻赶到砾石城，却发现有五个人冒充了五架机甲的战士。原来，这些人为了从沙砾城酋长的口中得到能量石——灵土矿在沙砾城的位置，假扮成严羽五人。最后，在严羽五人的努力下，假五人的身份终于被揭穿。与此同时，恶灵得知了精神土矿石被分散在地下的秘密！
为了保护图灵矿，严羽的五名士兵分成了两路。严羽，基洛和西洋去寻找传说中守护图灵矿的骆驼。灵异和嘉靖留在了砾石城。在此期间，灵异发现他死去的哥哥凌昊已经成为恶灵组织的一员，并且是自己的敌人！面对哥哥的攻击，凌毅几次不忍下手。另一边，严羽和他的三个手下在沙漠中遇到了一只小骆驼——土豆太太。在茫茫大漠中，严羽和薯芋互相帮助，结下了深厚的友谊。然而，在一次恶灵的袭击中，严羽为了保护骆驼，身受重伤！为了救严羽，坦太郎带着大家去了生命之源。原来，坦塔罗就是传说中的骆驼。没想到恶灵组织悄悄跟踪严羽等人。眼看生命之源封印即将修复，邪灵的铁和毕升突然爆发，严羽召唤出新的机甲——无匹龙神在危机中成功击退敌人，生命之源也在骆驼修复后沉入地下。
严羽五人重逢。此时，恶灵组织已经获得了图灵矿石的地下分布图，并试图制造一种吸取装置来聚集地下图灵矿石的力量。毕升甚至以凌昊为由威胁灵异加入恶灵组织。为了找出恶鬼组织的据点，严羽人将计就计，灵异故意叛逃，深入到恶鬼组织内部，找出吸人装置的位置，与严羽人合作。在一场惨烈的战争中，灵异为了同伴保护沙砾城打败了凌昊，基洛也在战斗中被打得粉碎。在大家的努力下，终于打败了邪灵将军毕升。
当大家以为一切都会平息的时候，却发现金博城的闫医生和林医生根本联系不上。在返回金博城的途中，他们救出了被恶灵追杀的年轻人项容，并得知也与恶灵有不共戴天之仇，并从口中得知恶灵为了得到金博城的能量石——黄金圣杯，将延和林博士抓了起来。与此同时，贾敬等人也发现恶灵为了研发最强机甲，想尽办法得到了一个狮子化石。于是六人决定分成两路寻找灵石化石和圣杯的下落。
严羽、昔阳、三人为了寻找圣杯，去拜访严博士和林的老师达尔文，没想到达尔文因为心爱的宠物被机械杀死。他不仅没有暴露身份，还偷走了严羽的召唤师。没想到此时出现了邪灵组织罗沙，在关键时刻被严羽救下，从而影响了达尔文。
另一方面，贾敬、凌毅和基洛按照林牧博士的指示去寻找狮子化石，最终在采矿机器人罗密欧的帮助下找到了化石。这时，他们突然遭到恶灵的袭击，基洛利用狮子化石成功召唤出来的火狮也在战斗中消失。很多人决定立即返回研究所开发火狮，但出乎意料的是，他们在路上遇到了恶灵的伏击。危难之际，严羽等人现身相助，火狮也在争分夺秒中研制成功，成功击退敌人！
这时，达尔文告诉一群人，金波城没有能量石——黄金圣杯。在他们觉得救父亲无望的时候，达尔文发现了颜博士和林博士发出的求救信号，他们正被囚禁在恶灵组织的空中堡垒里。经过一场危险的偷袭，他们终于救出了两名医生，但项容因为帮助禹岩逃跑而被恶灵抓住。这时，所有人都发现项容是恶灵指挥官希特的儿子！
颜博士和林博士获救后，得知金博城没有能量石，决定先通过邪灵找出支撑整个金博城运转的“中央电脑”。没想到，这一切都被罗沙监控了！罗沙也借此机会杀死了希特，并以希特是被禹岩人杀死为由，使项容屈服于恶灵组织。
与此同时，严羽在得知恶灵要坠落拿到中央电脑后，急忙上前阻止，却发现在强大的恶灵和各种阻碍面前，不仅机甲受损，凌翼还牺牲了自己的机甲，使严羽能够进化成合体机甲！
带着不惜一切代价阻止邪灵统治世界的决心，大家重拾斗志，再次向已经被邪灵控制的中央塔楼出发。嘉靖、昔阳和基洛设法转移山上的老虎，使禹岩成功地潜入中央塔。成功入塔的严羽，又遇到了罗沙。在关键时刻，项容出现了。原来，项容一直和恶灵呆在一起，为的是找到中央电脑一举消灭恶灵的机会！没想到，中央电脑的能量还是被逆转了，世界逐渐开始机械化。罗沙加强了他所驾驶的末日战神的力量。当严羽逐渐被打败的时候，灵异突然出现，拯救了大家。聚集了禹岩、灵异、嘉靖、昔阳、基洛五行的能量，罗刹终于被打败了！
却发现中央电脑并没有停止，世界还在继续机械化。唯一的办法就是使用机甲召唤师中的陨石能量！经过痛苦的挣扎，五人终于明白，机甲兽神的终极使命是保护世界，五人决定忍痛告别机甲！
机械化的能量逐渐消散，世界再次和平。